No coração de Setúbal ergue-se o Convento de Jesus, um dos grandes tesouros de Portugal e do Manuelino português. Hoje Museu de Setúbal, reabilitado pelo arquiteto Carrilho da Graça, preserva a memória conventual e a sua notável igreja. Destaca-se o retábulo quinhentista com 14 painéis, obra-prima da pintura renascentista portuguesa, atribuída à oficina de Jorge Afonso.

Convento de clausura feminina da Ordem de Santa Clara, fundado em 1490 por vontade de D. Justa Rodrigues, no reinado de D. Manuel I, é obra do arquiteto régio Diogo Boitaca. O Claustro, a Igreja e a Sala do Capítulo são Monumento Nacional. Foi Hospital do Espírito Santo até 1959 e, desde 5 de fevereiro de 1961, acolhe o Museu da Cidade, renovado e de excecional valor patrimonial e artístico, constitui um pilar da identidade setubalense.